Hay ciertos productos fitosanitarios que sí son compatibles, como el Propamocarb, que incluso aumenta el efecto de la micorriza; o el fosetil-Al. Hay otros sin embargo que están totalmente contraindicados, como el bromuro de metilo. En general hay que respetar un “plazo de seguridad” de unas dos o tres semanas tras inocular micorrizas para que a éstas les de tiempo de actuar y no se afecten. Los efectos de los fungicidas que suelen aplicarse en vivero (Tachigaren, Benomilo, Captan, Tiram) no suelen tener efectos sobre ECTOPLANT, a las dosis standart.